韓春雨研究的NgAgo又有新發(fā)現(xiàn)?中、美科學家兩篇最新論文表明NgAgo確實有基因編輯能力
2016年5月2日,韓春雨(河北科技大學)作為通訊作者在 Nature Biotechnology 雜志發(fā)表了題為:DNA-guided genome editing using the Natronobacterium gregoryi Argonaute (使用NgAgo進行DNA引導的基因組編輯)的研究論文,該研究稱NgAgo對真核生物(包括人)具有基因編輯能力。該研究很快在世界范圍內(nèi)爆火,隨后引發(fā)廣泛質疑,2017年8月3日,韓春雨撤回該論文。2018年8月31日,河北科技大學取消了韓春雨所獲得的榮譽稱號,終止了韓春雨團隊承擔的科研項目并收回了科研經(jīng)費,收回了韓春雨團隊所獲??蒲锌冃И剟睢?/p>
2019年4月4日,預印本網(wǎng)站BioRxiv刊登了一篇來自美國普渡大學研究人員的研究論文,表明NgAgo通過核酸內(nèi)切酶活性介導增強大腸桿菌的同源重組。
該研究證實了NgAgo可以充當DNA內(nèi)切核酸酶,還發(fā)現(xiàn)內(nèi)切核酸酶活性對于增強大腸桿菌中NgAgo介導的同源重組或基因編輯是必需的。
論文題目:NgAgo-enhanced homologous recombination in E. coli is mediated by DNA endonuclease activity.
原核生物Argonautes(pAgos)已經(jīng)被提出作為更靈活的基因編輯工具,與基于Cas9的基因編輯策略一樣,單鏈核酸與pAgo結合并增強pAgo對互補靶核酸序列的切割,從而實現(xiàn)DNA修復和編輯。
pAgo不需要與其靶標相鄰的基序序列就能行使功能,這與目前最流行的的CRISPR/Cas系統(tǒng)不同,因而具有切割任意DNA靶標的潛力。盡管有這種潛力和優(yōu)勢,但目前還沒有開發(fā)出與Cas9基因編輯系統(tǒng)的簡單性和功能性相媲美的pAgo基因編輯系統(tǒng)。
來自嗜鹽古菌的NgAgo,是一個有前景的pAgo候選者,因為它被認為可以在37℃下工作,但是NgAgo到底能不能在真核生物中進行基因編輯產(chǎn)生了非常激烈的爭論。
2019年1月22日,華中農(nóng)業(yè)大學張安定、金梅林、韓麗,以及同濟大學項耀祖合作,在 Nucleic Acids Research 雜志發(fā)表了題為:The prokaryotic Argonaute proteins enhance homology sequence-directed recombination in bacteria的研究論文。
該研究表明,NgAgo可能仍然具有作為原核宿主基因編輯器的潛力,證實NgAgo的的基因編輯是通過RecA進行的同源重組介導的,而RecA與NgAgo以非預期的方式物理結合,但NgAgo的特定作用仍不清楚。
華中農(nóng)業(yè)大學的研究表明:pAgo蛋白可以增強細菌中的同源序列定向重組
普渡大學的研究人員重新審視了這種NgAgo酶,并在原核生物中表征了其功能。NgAgo來源于嗜鹽古菌,在非嗜鹽宿主中表達很差,大部分蛋白質即使在重折疊后也不溶解和無活性。
NgAgo的結構
雖然之前的研究表明重折疊的NgAgo不能在體外切割DNA,普渡大學的這項研究表明可溶性NgAgo實際上可以在體外切割DNA。也就是說,重折疊的NgAgo可能無法完全發(fā)揮作用。
NgAgo能夠在體外切割質粒
進一步研究表明,NgAgo能夠在體內(nèi)對大腸桿菌的進行基因組編輯。
NgAgo能夠切割大腸桿菌基因組
repA和PIWI結構域均參與NgAgo的DNA切割活性。repA缺失、PIWI突變,均會降低NgAgo的切割活性,同時伴隨著同源重組效率的降低。repA缺失和PIWI突變同時存在才會完全廢除NgAgo的催化和基因編輯功能。因此,在repA和PIWI結構域兩個功能結構域的存在下,NgAgo可以通過在靶向區(qū)域誘導雙鏈斷裂而有效地增強同源重組。
這些研究結果表明NgAgo確實是DNA內(nèi)切核酸酶,NgAgo可溶性部分確實可以切割DNA。還發(fā)現(xiàn)這些內(nèi)切核酸酶活性對于增強大腸桿菌中NgAgo引導的同源重組或基因編輯是必需的。
表明NgAgo具有重新用作DNA編輯工具的潛力。
盡管NgAgo具有可編程的DNA切割能力,但其想成為強大的基因編輯工具還存在許多挑戰(zhàn):高脫靶性、表達差、以及真核細胞中低活性等。
盡管如此,進一步的研究可能會通過蛋白質工程策略克服這些挑戰(zhàn),并開發(fā)NgAgo作為基因編輯的強大工具。
Kevin V Solomon,普渡大學農(nóng)業(yè)與生物工程系助理教授。主要研究方向為:微生物與其環(huán)境相互作用,并重新編程這種反應,以有效地生產(chǎn)燃料,藥物和其他增值化學品。
需要特別指出的是,華中農(nóng)業(yè)大學和普渡大學的這兩篇論文表明NgAgo對DNA有潛在的編輯能力,并未發(fā)現(xiàn)其對真核細胞有基因編輯能力(也就是不能證明韓春雨的研究可能正確),且普渡大學的這篇論文未經(jīng)同行評議,直接發(fā)表于預印本網(wǎng)站BioRxiv。BioWorld如實解讀該論文,至于論文結論嚴謹性與否,我們一起期待后續(xù)報道。
來源:免疫細胞研究bioworld

