2023.6.27-30|計算機輔助藥物設(shè)計與分子動力學(xué)模擬應(yīng)用實踐班【六月班|現(xiàn)場】
1、通過四天系統(tǒng)性學(xué)習(xí)，掌握CADD在理性藥物設(shè)計中的應(yīng)用。
2、通過數(shù)十個主題的學(xué)習(xí)，帶您逐步掌握計算輔助藥物設(shè)計主要的研究方法：蛋白、核酸和小分子結(jié)構(gòu)的獲取、化合物的ADMET性質(zhì)預(yù)測、蛋白結(jié)構(gòu)分析、蛋白結(jié)構(gòu)預(yù)測、虛擬篩選、分子對接（半柔性、柔性對接、蛋白-蛋白、蛋白-多肽等）、蛋白保守序列分析、蛋白氨基酸突變對蛋白結(jié)構(gòu)和功能的影響、分子動力學(xué)模擬軟件Amber和Gromacs的使用與分子動力學(xué)模擬結(jié)果分析。
課程通過理論結(jié)合實例講解并自主練習(xí)，達到即學(xué)即用效果，幫助學(xué)員系統(tǒng)性掌握計算機輔助藥物設(shè)計技術(shù)，助力學(xué)術(shù)研究。
主辦單位：北京市計算中心有限公司
| 日期 | 主題 | 內(nèi)容 | 備注 |
| 第一天 | CADD理論與分子動力學(xué)模擬概述 | 1.?計算機輔助藥物設(shè)計的概念以及方法概述
2.?計算機輔助藥物設(shè)計經(jīng)典論文講解 3.?生物分子相互作用研究方法概述 4.?計算生物學(xué)概述 5.?分子動力學(xué)簡介 5.1?分子力場的介紹 5.2?分子力場的原理 5.3?分子力場的分類及應(yīng)用 6.?挑選最新Cell、Nature、Science、PNAS等雜志論文，進行論文思路闡述 |
理論 |
| 藥物設(shè)計中的量子力學(xué)概述 | 1.?量子力學(xué)簡介
2.?量子力學(xué)與化學(xué)鍵的本質(zhì) 3.?化學(xué)鍵的模擬方法及常用軟件 |
理論 | |
| 分子結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫介紹 | 1. PDB：蛋白結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫介紹
1.1 PDB蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫的介紹 1.2 PDB蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)可獲取的資源 1.3 蛋白的結(jié)構(gòu)類型、數(shù)據(jù)解讀及下載 2. PDB文件：蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)文件詳解 2.1?蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)文件可視化 2.2?蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)文件原子坐標(biāo)解讀 3.?Pubchem：化學(xué)小分子結(jié)構(gòu)獲取 3.1 Pubchem數(shù)據(jù)庫簡介 3.2 Pubchem數(shù)據(jù)庫小分子結(jié)構(gòu)查詢 3.3 Pubchem數(shù)據(jù)庫批量下載方法介紹 4. ZINC：虛擬篩選小分子數(shù)據(jù)庫介紹與應(yīng)用 4.1 ZINC數(shù)據(jù)庫介紹 4.2 ZINC數(shù)據(jù)庫小分子批量下載方法介紹 5. NDB：核酸結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫介紹 6.?核酸二級結(jié)構(gòu)和三級結(jié)構(gòu)預(yù)測 7.?候選化合物ADMET性質(zhì)預(yù)測 |
理論+
實踐 |
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| 第二天 | 虛擬篩選演示與實戰(zhàn) | 1.?Linux基礎(chǔ)
1.1 Linux服務(wù)器連接 1.2 數(shù)據(jù)傳輸 1.3 Linux常用命令 2.?基于高性能計算集群的藥物虛擬篩選 3.?高性能計算虛擬篩選操作演示 4.?虛擬篩選結(jié)果分析 |
理論+
操作 |
| 蛋白質(zhì)和小分子對接實戰(zhàn) | 1.?Autodock軟件原理及功能介紹
1.1 小分子配體結(jié)構(gòu)處理 1.2 蛋白受體結(jié)構(gòu)優(yōu)化和處理 1.3 蛋白受體格點計算 2.?Autodock vina軟件原理及功能介紹 3.?分子對接和對接結(jié)果分析 3.1 半柔性對接計算 3.2 柔性對接計算 3.3 對接結(jié)果分析 3.4 最優(yōu)對接構(gòu)象的選擇 4.?實例講解與練習(xí)：鼠源RhoA—GTPγS與Forsythialan A分子對接 |
理論+
操作 |
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| 生物大分子對接實戰(zhàn) | 1.?大分子對接原理及應(yīng)用介紹
2.?z-dock軟件介紹與使用 3.?其他生物大分子對接在線工具的介紹與使用 4.?蛋白-蛋白對接結(jié)果分析與解讀 5.?實例講解與練習(xí)：Apod與CD36蛋白-蛋白對接 |
理論+
操作 |
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| 第三天 | 分子結(jié)構(gòu)可視化軟件SCI繪圖實戰(zhàn) | 1.?PyMOL分子結(jié)構(gòu)可視化軟件介紹
2.?PyMOL軟件高質(zhì)量論文繪圖實操 2.1 蛋白-多肽相互作用分析圖解 2.2 蛋白-小分子相互作用分析圖解 2.3 蛋白-蛋白相互作用分析圖解 3.?PyMOL動畫制作 |
理論+
操作 |
| 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測原理及軟件實戰(zhàn) | 1.?同源建模原理介紹
2.?Swiss-model：在線同源建模 2.1 同源蛋白的搜索 2.2 蛋白序列比對 2.3 蛋白模板選擇 2.4 蛋白模型構(gòu)建 2.5 蛋白模型評價 2.6 蛋白模型優(yōu)化 3.?Modeller：同源建模軟件操作演練 4.?I-TASSER：蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測 5.?Rosetta：蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測 6.?AlphaFold Protein Structure Database介紹 |
理論+
操作 |
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| 蛋白氨基酸突變對蛋白的影響 | 1.?蛋白保守性氨基酸序列分析及可視化
2.?氨基酸突變對蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的影響分析 |
理論+
操作 |
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| 第四天 | 分子動力學(xué)模擬原理及軟件實戰(zhàn) | 1.?模擬體系的構(gòu)建方法介紹
2.?Amber：結(jié)合實例講解分子動力學(xué)模擬軟件操作演練 3.?Gromacs：結(jié)合實例講解分子動力學(xué)模擬軟件操作演練 4.?分子動力學(xué)計算與結(jié)果分析 4.1 結(jié)合自由能的計算分析 4.2 軌跡文件常見分析：RMSD、RMSF、回旋半徑等 4.3 二級結(jié)構(gòu)計算 |
理論+
操作 |
| 生物分子結(jié)構(gòu)可視化軟件介紹與使用 | 1.?VMD：結(jié)構(gòu)可視化軟件操作演練
2.?VMD查看分子動力學(xué)模擬結(jié)果 3.?VMD作圖實例講解與練習(xí) |
理論+
操作 |
注：內(nèi)容以實際發(fā)生為準(zhǔn)；若調(diào)，會提前通知。
部分案列圖示：
報班福利：
1、報名繳費后提供課前預(yù)習(xí)資料包；
2、進入預(yù)習(xí)群，由上課老師親自解答預(yù)習(xí)期間遇到的問題。
1、動力學(xué)模擬文件夾
?
2、分子對接文件夾
3、分子動力學(xué)模擬技術(shù)文檔
4、分子對接技術(shù)文檔
【報名費用】
注冊費：5600元/人（含當(dāng)期聽課費、資料費、證書費、考試費（如有））。
【報名優(yōu)惠政策】
1、3人以上團體報名每人可減少300元；
2、4+1團報，可免費贈送一個名額；
3、上面優(yōu)惠政策不能同時享受，只能享受其中一種；
老學(xué)員參加及推薦學(xué)員參加均可額外優(yōu)惠200元。
【掃碼報名】
【咨詢請聯(lián)系】
李老師：vicolee2021（微信）
【注】開始前一周會發(fā)送郵件通知；若未接到郵件通知，請電話咨詢。
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