當(dāng)?shù)貢r間5月8日，谷歌DeepMind發(fā)布其生物學(xué)預(yù)測工具AlphaFold的最新版本——AlphaFold 3。這一重大成果在科學(xué)界引起了巨大轟動。在蛋白質(zhì)預(yù)測領(lǐng)域?qū)＜铱磥?，AlphaFold 3是“變革性的”和“令人印象深刻的”。他們表示，這項工作可以用于測序蛋白質(zhì)、DNA、RNA、小分子等幾乎所有生物分子結(jié)構(gòu)和相互作用。此次AlphaFold3的模型是DeepMind和AI制藥公司Isomorphic Labs共同開發(fā)的，這項研究已發(fā)表在《自然》雜志上。但其不公開底層代碼、僅提供受限訪問的舉措，引發(fā)了科學(xué)界的廣泛批評。截至5月14日，已有超過650名研究人員聯(lián)名簽署公開信，表示對論文不提供代碼感到失望，并批評期刊違背了其關(guān)于代碼可用性的規(guī)定。
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將在6個月內(nèi)為學(xué)界提供開源模型
AlphaFold 3目前只能通過網(wǎng)絡(luò)服務(wù)器訪問，每日請求限制為20次（發(fā)布之初請求限制是10次）。此外，用戶在分析分子方面也面臨限制。例如，它無法預(yù)測蛋白質(zhì)與新型藥物之間的相互作用，這可能是為了防止與Isomorphic Labs的競爭。AlphaFold 3的代碼在《自然》雜志的論文審查過程中并未公開。?？怂共趟拱┌Y中心的計算結(jié)構(gòu)生物學(xué)家Roland Dunbrack是這封信的組織者之一，他表示在收到手稿時沒有辦法測試程序。Dunbrack說：“在與雜志社聯(lián)系后，我獲得了網(wǎng)絡(luò)服務(wù)器早期版本的訪問權(quán)限，但在文章發(fā)表前，我曾多次要求提供代碼，但都沒有得到回應(yīng)。我不明白編輯為什么要在這種情況下把它送審?！?/section>美國加州大學(xué)舊金山分校的結(jié)構(gòu)生物學(xué)家、這封信的組織者之一James Fraser說：“這篇論文沒有提供理由，只是提出‘未提供代碼’，這似乎違反了《自然》雜志的政策。”《自然》的編輯政策規(guī)定：作者必須及時向讀者提供代碼，不得有不適當(dāng)?shù)南拗啤?/section>這一明顯的矛盾引起了研究人員的憤怒。瑞典斯德哥爾摩大學(xué)的生物物理學(xué)家、這封信的署名者Erik Lindahl說：“在我看來，這項工作的大部分內(nèi)容都不符合科學(xué)研究的要求，實際上這是一則商業(yè)廣告。”面對批評，《自然》雜志主編Magdalena Skipper發(fā)表聲明，為該雜志處理這篇論文的方式進(jìn)行了辯護。她指出，盡管《自然》力求在每個機會中提高透明度，但在某些情況下可能無法公開研究數(shù)據(jù)或代碼。編輯們會考慮很多不同的因素，包括對生物安全的潛在影響以及由此帶來的倫理挑戰(zhàn)，在這種情況下，編輯部會與作者合作提供支持可重復(fù)性的替代方案。自公開信發(fā)布以來，DeepMind研究人員已經(jīng)表示，有關(guān)AlphaFold 3的更多信息即將發(fā)布。DeepMind研究員、AlphaFold 3論文的作者之一Pushmeet Kohli發(fā)布推文，回應(yīng)學(xué)界的質(zhì)疑和不滿，宣布將在6個月內(nèi)為學(xué)界提供開源模型。自AlphaFold 2于2020年發(fā)布以來，科學(xué)家們已經(jīng)廣泛使用這一工具預(yù)測了各種蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)、發(fā)現(xiàn)了藥物以及繪制了多種已知蛋白質(zhì)。
AlphaFold 3的進(jìn)步在于它不僅可以處理蛋白質(zhì)，還可以同時輸入核酸、小分子、金屬離子等物質(zhì)，并預(yù)測它們會如何與蛋白質(zhì)結(jié)合。因為蛋白質(zhì)不可能孤立地發(fā)揮作用，而是需要與其他物質(zhì)產(chǎn)生交流，這一過程也是科學(xué)家們最關(guān)心的。5月9日晚，中國科學(xué)院院士、深圳灣實驗室主任顏寧在個人微博賬號發(fā)布長文表示，“我對AI的態(tài)度總結(jié)起來其實是兩個字‘敬畏’，它的發(fā)展速度超乎想象。每次我都是指出AlphaFold版本當(dāng)前不能解決的問題，比如最近我比較癡迷的glycoproteins、那些‘暗物質(zhì)’們、in situ structures（原位結(jié)構(gòu)），等等。但終歸也只是時間問題。”她強調(diào)：“這次的server版本我覺得是一個速度和準(zhǔn)確度的平衡，正確率不是最好的。我現(xiàn)在手上有三個比較奇怪的蛋白，之前我自己搭的AF2 multimer可以在很低的ranking position找到一兩個正確的conformation，這次的server版本測試全軍覆沒。”
