培訓(xùn)班|新手段、新思路:?jiǎn)渭?xì)胞及空間轉(zhuǎn)錄組生信分析實(shí)戰(zhàn)(2023.11.1-3)-肽度TIMEDOO

隨著單細(xì)胞技術(shù)的發(fā)展和廣泛應(yīng)用,單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)已經(jīng)成為生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域中的一個(gè)重要研究方向。單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)可以在單細(xì)胞水平上揭示不同細(xì)胞類型之間的異質(zhì)性,為研究細(xì)胞發(fā)育、疾病發(fā)生和治療等提供了新的手段和思路。單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)可以揭示不同細(xì)胞類型之間的異質(zhì)性和細(xì)胞發(fā)育過程中的轉(zhuǎn)錄組動(dòng)態(tài)變化。通過分析單個(gè)細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄組,我們可以了解到不同細(xì)胞類型的基因表達(dá)差異和功能特征,同時(shí)也可以研究細(xì)胞發(fā)育過程中的分子機(jī)制和轉(zhuǎn)錄組調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。

在本培訓(xùn)班中,您將學(xué)習(xí)如何使用最先進(jìn)的單細(xì)胞分析技術(shù)Seurat和R語言,進(jìn)行單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組和空間轉(zhuǎn)錄組分析,并了解SCI繪圖的基本原理和應(yīng)用。

具體內(nèi)容包括:

1)單細(xì)胞RNA測(cè)序(scRNA-seq)技術(shù)及數(shù)據(jù)預(yù)處理;

2)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析工具Seurat的基本操作及高級(jí)分析方法;

3)空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序(Spatial Transcriptomics)技術(shù)及數(shù)據(jù)分析;

4)使用R語言進(jìn)行單細(xì)胞分析和SCI繪圖。

本課程適合從事生物信息學(xué)、細(xì)胞生物學(xué)、分子生物學(xué)和生命科學(xué)等領(lǐng)域的科研人員、學(xué)生和技術(shù)人員。無論您是初學(xué)者還是有一定經(jīng)驗(yàn)的專業(yè)人士,我們都將為您提供最新的技術(shù)和實(shí)踐經(jīng)驗(yàn)。

主辦單位:北京市計(jì)算中心有限公司
協(xié)辦單位:

北京市基因測(cè)序與功能分析工程技術(shù)研究中心

云計(jì)算關(guān)鍵技術(shù)與應(yīng)用北京市重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室

工業(yè)和信息化人才培養(yǎng)工程培訓(xùn)基地

北京市大數(shù)據(jù)教學(xué)實(shí)踐基地

舉 辦 地:北京市海淀區(qū)豐賢中路7號(hào)北科產(chǎn)業(yè)3號(hào)樓
課程安排:2023年11月1-3日(周三-周五)?上9:30-11:30 下13:30-17:00
日期
主題
內(nèi)容
備注
第一天
單細(xì)胞、空間轉(zhuǎn)錄組及bulk轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)
1.?單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)研究現(xiàn)狀及應(yīng)用
2.?單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)及建庫測(cè)序原理(重點(diǎn)介紹10x genomics)
3.?空間轉(zhuǎn)錄組實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)及建庫測(cè)序原理
4.?二代測(cè)序技術(shù)簡(jiǎn)介
5.?bulk轉(zhuǎn)錄組實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)及建庫測(cè)序原理
理論
上機(jī)操作基礎(chǔ)
1.?R語言簡(jiǎn)介
2.?R語言安裝及配置
3.?R語言數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)
4.?R語言數(shù)據(jù)處理
5.?R語言基本統(tǒng)計(jì)繪圖
6.?單細(xì)胞分析相關(guān)R包的安裝
理論+
實(shí)踐
第二天
使用Seurat進(jìn)行單細(xì)胞標(biāo)準(zhǔn)分析
1、Cell ranger分析過程和結(jié)果解讀
2、Seurat數(shù)據(jù)基本結(jié)構(gòu)(創(chuàng)建,結(jié)構(gòu)形式,包含內(nèi)容)
3、數(shù)據(jù)質(zhì)控及預(yù)處理(細(xì)胞選擇和過濾、數(shù)據(jù)規(guī)范化和縮放以及高度可變特征的檢測(cè))
4、細(xì)胞分群
5、非線性降維(UMAP/tSNE)
6、差異表達(dá)特征
7、細(xì)胞群注釋(手動(dòng)注釋和軟件注釋)
8、可視化(小提琴圖,熱圖,聚類圖,拐點(diǎn)圖,火山圖,點(diǎn)線圖)
理論+
實(shí)踐
使用Seurat進(jìn)行單細(xì)胞高級(jí)分析
1、 去除批次效應(yīng)(Harmony)
2、 細(xì)胞周期分析(seurat)
3、 通訊分析(cellchat)
4、 擬時(shí)序分析(monocle3)
5、 細(xì)胞注釋(SingleR)
6、 富集分析(GSEA,Go/KEGG)
7、腫瘤細(xì)胞拷貝數(shù)變異(InferCNV)
8、 雙胞預(yù)測(cè)(DoubletFinder)
9、 Pseudobulk(muscat)
理論+
實(shí)踐
第三天
單細(xì)胞多組學(xué)整合分析
1、單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組和蛋白質(zhì)組的數(shù)據(jù)格式
2、構(gòu)建Seurat的轉(zhuǎn)錄組和蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)對(duì)象
3、標(biāo)準(zhǔn)化流程分析
4、多組學(xué)數(shù)據(jù)結(jié)果展示
5、識(shí)別標(biāo)記(轉(zhuǎn)錄組和蛋白質(zhì)組)
理論+
實(shí)踐
空間轉(zhuǎn)錄組分析
1、數(shù)據(jù)導(dǎo)入和預(yù)處理
2、基因表達(dá)可視化
3、空間特征識(shí)別
4、區(qū)域子集分析
理論+
實(shí)踐
單細(xì)胞SCI繪圖優(yōu)化
1、ggplot繪圖語法介紹
2、Seurat繪圖結(jié)果使用ggplot進(jìn)行優(yōu)化
3、Seurat結(jié)果保存
理論+
實(shí)踐
注:內(nèi)容以實(shí)際發(fā)生為準(zhǔn);若調(diào),會(huì)提前通知。

報(bào)名費(fèi)用

注冊(cè)費(fèi):4200元/人(含當(dāng)期聽課費(fèi)、資料費(fèi)、證書費(fèi)、考試費(fèi)(如有))。
提供當(dāng)期視頻回放以供復(fù)習(xí)使用(羽林學(xué)院平臺(tái))。
開具增值稅發(fā)票,提供蓋章通知、結(jié)業(yè)證書等相關(guān)材料。

報(bào)名優(yōu)惠政策

1、3人以上團(tuán)體報(bào)名每人可減少300元;
2、4+1團(tuán)報(bào),可免費(fèi)贈(zèng)送一個(gè)名額;
3、上面優(yōu)惠政策不能同時(shí)享受,只能享受其中一種;
老學(xué)員參加及推薦學(xué)員參加均可額外優(yōu)惠200元。

【報(bào)名請(qǐng)聯(lián)系

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