從20世紀(jì)90年代開始，藥物設(shè)計(jì)進(jìn)入新的階段，即理性藥物設(shè)計(jì)。計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)（CADD）是基于各種分子模擬技術(shù)以及數(shù)理統(tǒng)計(jì)的方法，通過準(zhǔn)確快速的計(jì)算蛋白質(zhì)或者核酸受體的結(jié)構(gòu)、小分子配體的構(gòu)象、酶和抑制劑相互作用構(gòu)象等，可以提高藥物設(shè)計(jì)的準(zhǔn)確性和命中率，降低研發(fā)成本，縮短研發(fā)周期。在本次新冠肺炎疫情抗擊戰(zhàn)中，計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)也為抗病毒藥物的研發(fā)貢獻(xiàn)了關(guān)鍵的力量。

課程總目標(biāo)：

1、通過四天系統(tǒng)性學(xué)習(xí)，掌握CADD在理性藥物設(shè)計(jì)中的應(yīng)用。

2、通過十二個(gè)主題的學(xué)習(xí)，帶您逐步掌握蛋白、核酸和小分子結(jié)構(gòu)的獲取、蛋白結(jié)構(gòu)分析、同源建模、虛擬篩選、分子對(duì)接（半柔性、柔性對(duì)接、蛋白-蛋白、蛋白-多肽等）、蛋白保守序列分析、蛋白氨基酸突變對(duì)蛋白結(jié)構(gòu)和功能的影響、Gromacs分子動(dòng)力學(xué)模擬與結(jié)果分析。

課程通過理論結(jié)合實(shí)例講解并自主練習(xí)，達(dá)到即學(xué)即用效果，幫助學(xué)員系統(tǒng)性掌握計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)技術(shù)，助力學(xué)術(shù)研究。

主辦單位：北京市計(jì)算中心有限公司

支持單位：肽度TIMEDOO

舉 辦 地：北京市海淀區(qū)豐賢中路7號(hào)北科產(chǎn)業(yè)3號(hào)樓

課程安排：2022.11.29-2022.12.2 ???上午9:30-11:30 ?下午13:30-17:00

日期 主題 內(nèi)容 備注
第一天 生物分子互作概述 1.?計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)的概念以及方法概述

2.?生物分子相互作用研究方法概述

2.1蛋白-小分子相互作用研究方法

2.2蛋白-核酸相互作用研究方法

2.3蛋白-多肽相互作用研究方法

2.4蛋白-蛋白相互作用研究方法

3.?挑選最新論文，進(jìn)行論文思路闡述

 理論+

操作
分子結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫介紹 1.?PDB：蛋白結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫介紹

1.1?PDB蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫的介紹

1.2?PDB蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)可獲取的資源

1.3?蛋白的結(jié)構(gòu)類型、數(shù)據(jù)解讀及下載

2.?PDB文件：蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)文件詳解

2.1蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)文件可視化

2.2蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)文件原子坐標(biāo)解讀

3.?Pubchem：化學(xué)小分子結(jié)構(gòu)獲取

3.1 Pubchem數(shù)據(jù)庫簡介

3.2 Pubchem數(shù)據(jù)庫小分子結(jié)構(gòu)查詢

3.3 Pubchem數(shù)據(jù)庫批量下載方法介紹

4.?ZINC：虛擬篩選小分子數(shù)據(jù)庫介紹與應(yīng)用

4.1 ZINC數(shù)據(jù)庫介紹

4.2 ZINC數(shù)據(jù)庫小分子批量下載方法介紹

5.?DrugBank：藥物數(shù)據(jù)的使用與小分子結(jié)構(gòu)的獲取

5.1 DrugBank數(shù)據(jù)庫介紹

5.2 DrugBank數(shù)據(jù)庫中小分子結(jié)構(gòu)的查詢與下載

6.?NDB：核酸結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫介紹

7.?核酸結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)
蛋白質(zhì)和小分子對(duì)接實(shí)戰(zhàn) 1.?Autodock軟件原理及功能介紹

1.1?小分子配體結(jié)構(gòu)處理

1.2?蛋白受體結(jié)構(gòu)優(yōu)化和處理

1.3?蛋白受體格點(diǎn)計(jì)算

2.?Autodock vina軟件原理及功能介紹

3.?分子對(duì)接和對(duì)接結(jié)果分析

3.1 半柔性對(duì)接計(jì)算

3.2 柔性對(duì)接計(jì)算

3.3 對(duì)接結(jié)果分析

3.4 最優(yōu)對(duì)接構(gòu)象的選擇

4.?實(shí)例講解與練習(xí)：鼠源RhoA—GTPγS與Forsythialan A分子對(duì)接

 理論+

操作
第二天 虛擬篩選演示與實(shí)戰(zhàn) 1.?Linux基礎(chǔ)

1.1 Linux服務(wù)器連接

1.2 數(shù)據(jù)傳輸

1.3 Linux常用命令

2.?基于高性能計(jì)算集群的藥物虛擬篩選

3.?高性能計(jì)算虛擬篩選操作演示

4.?虛擬篩選結(jié)果分析

 理論+

操作
生物大分子對(duì)接實(shí)戰(zhàn) 1.?大分子對(duì)接原理及應(yīng)用介紹

2.?z-dock軟件介紹與使用

3.?其他生物大分子對(duì)接在線工具的介紹與使用

4.?蛋白-蛋白對(duì)接結(jié)果分析與解讀

5.?實(shí)例講解與練習(xí)：蛋白-蛋白對(duì)接

 理論+

操作
分子結(jié)構(gòu)可視化軟件SCI繪圖實(shí)戰(zhàn) 1.?Pymol分子結(jié)構(gòu)可視化軟件介紹

2.?Pymol軟件高質(zhì)量論文繪圖實(shí)操

2.1 蛋白-小分子相互作用分析圖解

2.2 蛋白-蛋白相互作用分析圖解

2.3 蛋白-核酸相互作用分析圖解

3. Pymol動(dòng)畫制作

 理論+

操作
第三天 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)原理及軟件實(shí)戰(zhàn) 1.?同源建模原理介紹

2.?Swiss-model：在線同源建模

3.?I-TASSER：蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)

4.?Rosetta：蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)

5.?AlphaFold Protein Structure Database介紹

6.?Modeller：同源建模軟件操作演練

6.1 同源蛋白的搜索

6.2 蛋白序列比對(duì)

6.3 蛋白模板選擇

6.4 蛋白模型構(gòu)建

6.5 蛋白模型評(píng)價(jià)

6.6 蛋白模型優(yōu)化

 理論+

操作
蛋白氨基酸突變對(duì)蛋白的影響 1.?蛋白保守性氨基酸序列分析及可視化

2.?氨基酸突變對(duì)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的影響分析

3.?抗原表位預(yù)測(cè)與蛋白氨基酸突變預(yù)測(cè)分析

 理論+操作
第四天 計(jì)算生物學(xué)研究方法 1.?計(jì)算生物學(xué)概述

2.?動(dòng)力學(xué)模擬研究案例介紹

 理論
分子動(dòng)力學(xué)模擬原理及軟件實(shí)戰(zhàn) 1.?分子動(dòng)力學(xué)簡介

1.1?分子立場(chǎng)的介紹

1.2?分子立場(chǎng)的原理

1.3?分子立場(chǎng)的分類及應(yīng)用

2.?NAMD軟件簡介

3.?Amber軟件簡介

4.?Gromacs：分子動(dòng)力學(xué)模擬軟件操作演練（蛋白NSP13m1c與小分子29278的分子動(dòng)力學(xué)模擬）（Linux操作系統(tǒng)下）

5.?分子動(dòng)力學(xué)計(jì)算與結(jié)果分析

 理論+

操作
生物分子結(jié)構(gòu)可視化軟件介紹與使用 1.?VMD：結(jié)構(gòu)可視化軟件操作演練

2.?VMD查看分子動(dòng)力學(xué)模擬結(jié)果

3.?VMD作圖實(shí)例講解與練習(xí)

 理論+

操作

注：內(nèi)容以實(shí)際發(fā)生為準(zhǔn)；若調(diào)，會(huì)提前通知。

部分案列圖示：

2022年11月29-12月2日·北京· 分子模擬與計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)應(yīng)用實(shí)踐班-肽度TIMEDOO2022年11月29-12月2日·北京· 分子模擬與計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)應(yīng)用實(shí)踐班-肽度TIMEDOO

報(bào)班福利：

  • 報(bào)名繳費(fèi)后提供課前預(yù)習(xí)資料包；
  • 進(jìn)入預(yù)習(xí)群，由上課老師親自解答預(yù)習(xí)期間遇到的問題。

預(yù)習(xí)資料包：

1、動(dòng)力學(xué)模擬文件夾?

2022年11月29-12月2日·北京· 分子模擬與計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)應(yīng)用實(shí)踐班-肽度TIMEDOO

2、分子對(duì)接文件夾?

2022年11月29-12月2日·北京· 分子模擬與計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)應(yīng)用實(shí)踐班-肽度TIMEDOO

3、分子動(dòng)力學(xué)模擬技術(shù)文檔

4、分子對(duì)接技術(shù)文檔

【報(bào)名費(fèi)用】

注冊(cè)費(fèi)：5600元/人（含當(dāng)期聽課費(fèi)、資料費(fèi)、證書費(fèi)、考試費(fèi)（如有））。

提供當(dāng)期視頻回放以供復(fù)習(xí)使用（羽林學(xué)院平臺(tái)）。

開具增值稅發(fā)票，提供蓋章通知、結(jié)業(yè)證書等相關(guān)材料。

【報(bào)名優(yōu)惠政策】

1、上課前15天預(yù)報(bào)名優(yōu)惠200元；

2、3人以上團(tuán)體報(bào)名每人可減少300元；

3、4+1團(tuán)報(bào)，可免費(fèi)贈(zèng)送一個(gè)名額；

4、上面優(yōu)惠政策不能同時(shí)享受，只能享受其中一種。

老學(xué)員參加及推薦學(xué)員參加均可額外優(yōu)惠200元。

【付費(fèi)方式】

手機(jī)銀行或電子銀行轉(zhuǎn)賬、銀行匯款等

單位全稱：北京市計(jì)算中心有限公司

賬號(hào)：0200151819100023937

開戶銀行：中國工商銀行股份有限公司北京自貿(mào)試驗(yàn)區(qū)永豐基地支行

（匯款信息備注：“智能計(jì)算——您的姓名”，個(gè)人匯款請(qǐng)備注單位名稱）

注：款項(xiàng)支出后，請(qǐng)?zhí)峁└犊罨貓?zhí)給工作人員，方便核實(shí)到賬、開具發(fā)票。

【咨詢請(qǐng)聯(lián)系】

QQ號(hào)：659230635

微信號(hào)：vicolee2021

【注】開課前一周會(huì)發(fā)送郵件通知；若未接到郵件通知，請(qǐng)電話咨詢。