歡迎各位來到“circRNA研究報道匯總”欄目，9月上旬從pubmed中檢索收集最新發(fā)布的circRNA文獻29篇，下面我們一起來看看circRNA研究有哪些新進展。

1、綜述：circRNA在心血管系統(tǒng)中的分子功能和特定作用

論文標題：Molecular functions and specific roles of circRNAs in the cardiovascular system

雜志：Noncoding RNA Res
影響因子：NA

通訊作者單位：慕尼黑大學檢驗醫(yī)學研究所

該綜述文章主要系統(tǒng)性總結(jié)了目前心血管疾病相關(guān)的circRNA研究進展，總結(jié)詳細全面，對circRNA在心血管方面的研究提供了很好的參考，下面我們一起來瀏覽下文中的主要圖表。

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9月上半月circRNA研究報道匯總-肽度TIMEDOO

圖注：依賴剪接體spliceosome介導的circRNA形成的三類circRNA，EliciRNA，circRNA和ciRNA。CircRNA序列組成只包含外顯子，EliciRNA序列組成既有外顯子又有內(nèi)含子，ciRNA序列組成只有內(nèi)含子序列。

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圖A:ElciRNAs和ciRNAs可與宿主基因基因座結(jié)合促進RNAP II轉(zhuǎn)錄pre-mRNA；B：circRNA可結(jié)合宿主基因的DNA序列上形成R-loop結(jié)構(gòu)影響染色體的穩(wěn)定性，進而調(diào)控基因轉(zhuǎn)錄；

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C圖：共線剪接（上圖）和共轉(zhuǎn)錄后反向剪接（下圖）之間競爭的模型：競爭這是由于不同的內(nèi)含反向重復配對序列（灰色部分）之間配對形成的折疊結(jié)構(gòu)。在雙鏈RNA內(nèi)通過ADAR酶選擇性地將腺苷脫氨作為肌苷回折區(qū)域中的斑塊可以促進線性mRNA形成（頂部）。像Quaking或Muscleblind（橙色）這樣的RNA結(jié)合蛋白結(jié)合并同源二聚化，從而可以促進通過支持內(nèi)含子的反折疊來形成環(huán)狀RNA（底部），兩種機制間的競爭直接影響到circRNA和mRNA在細胞內(nèi)的含量。

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D圖：circRNA經(jīng)典的miRNA sponging模型，circRNA上螯合結(jié)合miRNA的AGO2復合體，減少細胞中miRNA的活性，間接增加對應(yīng)mRNA的豐度，影響細胞功能；E圖：circRNA直接與功能蛋白結(jié)合調(diào)控細胞功能，circANRIL結(jié)合PeBoW復合物的PES1蛋白，進而阻斷核糖體rRNA成熟，抑制翻譯功能。circPABPN對HuR蛋白的螯合，降低了PABPN mRNA穩(wěn)定性，最終PABPN1蛋白含量降低。

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圖F：circRNA直接翻譯蛋白，circRNA序列中包含開放閱讀框（ORF）和核糖體進入位點（IRES）理論上就能翻譯成蛋白。

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圖：目前已報道的心血管疾病相關(guān)主要circRNA分子總結(jié)，左側(cè)描繪了已知心血管疾病相關(guān)的細胞類型。（A）相關(guān)circRNA名稱和功能簡介，（B）circRNA互作的相關(guān)蛋白及細胞功能。

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2、綜述：環(huán)狀RNA在肝細胞癌中作為一種新的潛在生物標志物和治療靶點的應(yīng)用前景

論文標題：Prospect of Circular RNA in Hepatocellular Carcinoma: A Novel Potential Biomarker and Therapeutic Target

雜志：Front Oncol 影響因子：4.416

通訊作者單位：桂林醫(yī)科大學附屬醫(yī)院肝膽胰外科

肝癌是世界范圍內(nèi)惡性腫瘤高死亡率的癌癥之一，2015年統(tǒng)計854，000起肝癌患者中，死亡人數(shù)達810，000人。其中90%是常見的原發(fā)性肝癌的肝細胞癌（HCC）。酒精，煙草，黃曲霉毒素都是導致肝細胞癌發(fā)生的重要危險因素臨床上，早期HCC，通過手術(shù)切除和肝移植是常見而有效的治療方法，但預后往往不甚理想，更糟糕的是，往往大部分HCC在確診時已是肝癌晚期，失去最佳治療時機。因此，闡明HCC分子機制，為開發(fā)新的HCC診斷標志物和治療靶標至關(guān)重要。隨著高通量測序技術(shù)的發(fā)展，愈來愈多的研究證據(jù)表明circRNA在癌癥發(fā)生發(fā)展過程起著重要作用。該綜述論文系統(tǒng)系總結(jié)回顧了circRNA在肝癌HCC中的研究進展，值得參考。

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圖注：目前報道的與HCC相關(guān)的主要circRNA信息匯總表。

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3、CIRCpedia v2數(shù)據(jù)庫更新升級

論文標題：CIRCpedia v2: An Updated Database for Comprehensive Circular RNA Annotation and Expression Comparison

雜志：GPBs?影響因子：6.615

通訊作者單位：中科院上海生科院

中科院上海生科院計算生物所楊力教授團隊近期對CIRCpedia數(shù)據(jù)庫進行了重要更新該數(shù)據(jù)庫通過整合六個物種circRNA數(shù)據(jù)，發(fā)布了升級版的circRNA數(shù)據(jù)庫CIRCpediav2（http://www.picb.ac.cn/rnomics/circpedia/）。

相比于第一版CIRCpedia數(shù)據(jù)庫，此次升級主要更新了如下內(nèi)容

1. 整合來自GEO、ENCODE和 EMBL-EBI 數(shù)據(jù)庫的涵蓋六個物種（包含人、小鼠、大鼠、斑馬魚、果蠅和線蟲）的185個RNA-seq數(shù)據(jù)集，經(jīng)CIRCexplorer2軟件分析鑒定circRNA；

2. CIRCpedia v2數(shù)據(jù)庫對circRNAs進行了綜合全面性的信息注釋，同時在不同物種、組織和細胞中分析了一個基因的多種反向剪接事件；

3. 對于single-read 和paired-end測序數(shù)據(jù)集，都可以利用FPM值定量circRNA的表達情況；

4. 通過LiftOver分析人和小鼠circRNAs序列保守性；

5. CIRCpedia v2利用新版JBrowse可視化觀察circRNAs在基因組的位置，另外新增“Tool”功能可直接對不同circRNAs在不同組織和細胞中表達差異進行分析。

4、TRCirc：一個circRNA轉(zhuǎn)錄調(diào)控信息預測數(shù)據(jù)庫

論文標題：TRCirc: a resource for transcriptional regulation information of circRNAs

雜志：Brief Bioinform?影響因子：6.302

通訊作者單位：哈爾濱醫(yī)科大學

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近年來，高通量基因組技術(shù)如染色質(zhì)免疫沉淀測序（ChIp-seq）和轉(zhuǎn)錄組測序（RNA-seq）已經(jīng)變得更加精細和更便宜。前期circRNA研究積累了大部分circRNA表達譜相關(guān)數(shù)據(jù)，然而，circRNA轉(zhuǎn)錄的調(diào)控機制仍不清楚。因此，迫切需要構(gòu)建詳細描述circRNA轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)的數(shù)據(jù)庫。TRCirc提供了檢索，瀏覽和可視化circRNA轉(zhuǎn)錄調(diào)控信息的資源。當前版本的TRCirc記錄來自超過100種細胞類型的92 375個circRNA和161個轉(zhuǎn)錄因子（TF），并且一起標示超過765,000個TF-circRNA調(diào)節(jié)關(guān)系。此外，TRCirc提供有關(guān)circRNA轉(zhuǎn)錄的其他調(diào)控信息，包括其表達，甲基化水平，調(diào)節(jié)區(qū)中的H3K27ac信號和與circRNA相關(guān)的超級增強子。TRCirc提供方便，用戶友好的界面，可搜索，瀏覽和可視化有關(guān)這些circRNA的詳細信息。TRCirc網(wǎng)址如下：http://www.licpathway.net/TRCirc

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圖：TRCirc數(shù)據(jù)庫功能示意圖

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文獻列表：

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序號 主要內(nèi)容 論文標題 雜志

IF

 單位
1 綜述：RNA作為前列腺癌的候選診斷和預后標志物 – 從細胞系模型到液體活組織篩查 RNAs as Candidate Diagnostic and Prognostic Markers of Prostate Cancer-From Cell Line Models to Liquid Biopsies Kidney Int Rep

NA

 蘇黎世大學醫(yī)院腎內(nèi)科
2 circRNA，ciRs-126預測重癥急性腎損傷患者的存活率。 The Circular RNA ciRs-126 Predicts Survival in Critically Ill Patients With Acute Kidney Injury Kidney Int Rep

NA

 蘇黎世大學醫(yī)院腎內(nèi)科
3 circRNA在心血管系統(tǒng)中的分子功能和特定作用。 Molecular functions and specific roles of circRNAs in the cardiovascular system. Noncoding RNA Res

NA

 慕尼黑大學檢驗醫(yī)學研究所
29 CIRCpedia v2數(shù)據(jù)庫更新升級 CIRCpedia v2: An Updated Database for Comprehensive Circular RNA Annotation and Expression Comparison Genomics Proteomics Bioinformatics

6.615

 中科院上海生科院
4 TRCirc：一個circRNA轉(zhuǎn)錄調(diào)控信息相關(guān)的數(shù)據(jù)庫 TRCirc: a resource for transcriptional regulation information of circRNAs Brief Bioinform

6.302

 哈爾濱醫(yī)科大學附屬第二醫(yī)院
5 CircRNA-ACAP2 / Hsa-miR-21-5p / Tiam1調(diào)節(jié)反饋回路影響結(jié)腸癌SW480細胞的增殖，遷移和侵襲。 The CircRNA-ACAP2/Hsa-miR-21-5p/ Tiam1 Regulatory Feedback Circuit Affects the Proliferation, Migration, and Invasion of Colon Cancer SW480 Cells. Cell Physiol Biochem.

5.5

 廣州市番禺區(qū)中心醫(yī)院
6 人類基因組中的circRNA和線性RNA模糊剪接位點的區(qū)分 Ambiguous splice sites distinguish circRNA and linear splicing in the human genome ?

5.481

 斯坦福大學生物化學系
7 綜合分析circRNA表達模式和circRNA-miRNA-mRNA網(wǎng)絡(luò)在兔動脈粥樣硬化的發(fā)病機制中的作用。 Comprehensive analysis of circRNA expression pattern and circRNA-miRNA-mRNA network in the pathogenesis of atherosclerosis in rabbits. Aging (Albany NY)

5.179

 哈爾濱醫(yī)科大學附屬第二醫(yī)院
8 通過RNA測序篩選與骨肉瘤的化學治療抗性相關(guān)的環(huán)狀RNA Screening circular RNA related to chemotherapeutic resistance in osteosarcoma by RNA sequencing Epigenomics

4.979

 上海市第十人民醫(yī)院
9 環(huán)狀RNA hsa_circ_0072995通過海綿樣吸附miR-30c-2-3p促進乳腺癌細胞遷移和入侵 Circular RNA hsa_circ_0072995 promotes breast cancer cell migration and invasion through sponge for miR-30c-2-3p Epigenomics

4.979

 東南大學醫(yī)學院
10 環(huán)狀RNA CDR1通過miR-7 / GDF5 / SMAD和p38MAPK信號傳導途徑調(diào)節(jié)牙周韌帶干細胞的成骨細胞分化 Circular RNA CDR1as regulates osteoblastic differentiation of periodontal ligament stem cells via the miR-7/GDF5/SMAD and p38 MAPK signaling pathway. Stem Cell Res Ther

4.963

 北京大學口腔醫(yī)院
11 CDR1as在喉鱗狀細胞癌中過表達并通過miR-7促進腫瘤的進展 CDR1as is overexpressed in laryngeal squamous cell carcinoma to promote the tumour’s progression via miR-7 signals Cell Prolif

4.936

 鄭州大學第一附屬醫(yī)院
12 綜述：環(huán)狀RNA在肝細胞癌中作為一種新的潛在生物標志物和治療靶點的應(yīng)用前景 Prospect of Circular RNA in Hepatocellular Carcinoma: A Novel Potential Biomarker and Therapeutic Target. Front Oncol

4.416

 桂林醫(yī)科大學附屬醫(yī)院肝膽胰外科
13 Circ008913，通過miR-889調(diào)節(jié)DAB2IP / ZEB1，參與亞砷酸鹽誘導的人類角質(zhì)形成細胞在癌發(fā)生過程中獲得CSC樣特性。 Circ008913, via miR-889 regulation of DAB2IP/ZEB1, is involved in the arsenite-induced acquisition of CSC-like properties by human keratinocytes in carcinogenesis Metallomics

4.069

 南京醫(yī)科大學
14 血漿環(huán)狀RNAs hsa_circ_0001953和hsa_circ_0009024作為活動性結(jié)核病的診斷生物標志物。 Plasma Circular RNAs hsa_circ_0001953 and hsa_circ_0009024 as Diagnostic Biomarkers for Active Tuberculosis. Front Microbiol

4.019

 南昌大學第一附屬醫(yī)院檢驗科
15 新型環(huán)狀RNA hsa_circ_0020123通過抑制非小細胞肺癌中的miR-144發(fā)揮致癌特性。 A novel circular RNA hsa_circ_0020123 exerts oncogenic properties through suppression of miR-144 in non-small cell lung cancer. Am J Cancer Res

3.998

 吉林大學附屬第二醫(yī)院
16 Zfp609環(huán)狀RNA通過海綿樣吸附miR-194-5p調(diào)節(jié)成肌細胞分化 A Zfp609 circular RNA regulates myoblast differentiation by sponging miR-194-5p. Int J Biol Macromol

3.909

 江蘇師范大學
17 綜合分析結(jié)腸炎誘導結(jié)腸癌小鼠模型中環(huán)狀RNA的差異表達情況 Comprehensive analysis of differential circular RNA expression in a mouse model of colitis-induced colon carcinoma Mol Carcinog.

3.851

 中山大學附屬第一醫(yī)院
18 circRNA高通量測序分析大豆細胞質(zhì)雄性不育系NJCMS1A與其保持系NJCMS1B Comparative analysis of circular RNAs between soybean cytoplasmic male-sterile line NJCMS1A and its maintainer NJCMS1B by high-throughput sequencing. BMC Genomics.

3.73

 南京農(nóng)業(yè)大學
19 乙二醇誘導的腎結(jié)石大鼠中l(wèi)ncRNA，mRNA和環(huán)狀RNA的表達譜研究 Changing expression profiles of long non-coding RNAs, mRNAs and circular RNAs in ethylene glycol-induced kidney calculi rats. BMC Genomics.

3.73

 中南大學
20 鑒定外周血中的環(huán)狀RNA hsa_circ_0044235作為類風濕性關(guān)節(jié)炎的新型生物標志物。 Identification of circular RNAs hsa_circ_0044235 in peripheral blood as novel biomarkers for Rheumatoid Arthritis. Clin Exp Immunol

3.542

 南昌大學第一附屬醫(yī)院檢驗科
21 靶向miR-370-3p的circRNA_NEK6通過Wnt信號通路促進甲狀腺癌增殖和侵襲 Emerging roles of circRNA_NEK6 targeting miR-370-3p in the proliferation and invasion of thyroid cancer via Wnt signaling pathway. Cancer Biol Ther

3.373

 昆明醫(yī)科大學
22 環(huán)狀RNA ciRS-7通過miR-7 / KLF4和NF-κB信號通路促進食管鱗狀細胞癌的遷移和侵襲 Circular RNA ciRS-7 triggers the migration and invasion of esophageal squamous cell carcinoma via miR-7/KLF4 and NF-κB signals. Cancer Biol Ther

3.373

 第二軍醫(yī)大學長海醫(yī)院
23 CircRNA hsa_circ_100395調(diào)節(jié)miR-1228 / TCF21通路以抑制肺癌進展 CircRNA hsa_circ_100395 regulates miR-1228/TCF21 pathway to inhibit lung cancer progression Cell Cycle

3.304

 解放軍總醫(yī)院
24 利用血漿circRNA_002453作為狼毒性腎炎診斷的新型生物標志物。 Using plasma circRNA_002453 as a novel biomarker in the diagnosis of lupus nephritis Mol Immunol

3.188

 南方醫(yī)科大學南方醫(yī)院
25 Tandem DNAzyme：用于circRNA抑制的新工具 Tandem DNAzyme for double digestion: a new tool for circRNA suppression Biol Chem.

3.022

 中南大學湘雅藥學院
26 CircRNA circ-ITCH通過miR-22-3p / CBL /β-連環(huán)蛋白途徑抑制乳頭狀甲狀腺癌的進展。 CircRNA circ-ITCH suppresses papillary thyroid cancer progression through miR-22-3p/CBL/β-catenin pathway Biochem Biophys Res Commun

2.559

 哈爾濱醫(yī)科大學附屬第二醫(yī)院
27 CircRNA_100290通過miR-516b誘導的FZD4表達下調(diào)和Wnt /β-連環(huán)蛋白信號傳導促進結(jié)腸直腸癌進展 CircRNA_100290 promotes colorectal cancer progression through miR-516b-induced downregulation of FZD4 expression and Wnt/β-catenin signaling Biochem Biophys Res Commun

2.559

 溫州醫(yī)科大學附屬第一醫(yī)院
28 Hsa_circ_0033155：非小細胞肺癌的潛在新型生物標志物。 Hsa_circ_0033155: A potential novel biomarker for non-small cell lung cancer Exp Ther Med

1.41

 上海交通大學附屬第六人民醫(yī)院

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來源：geneseed